Lisewo i okolice są częścią ziemi chełmińskiej, historycznej krainy położonej w widłach rzek: Wisły, Drwęcy i Osy. Ziemię tę znamionuje dość wczesny rozwój osadnictwa związany z korzystnymi warunkami naturalnymi, z dużym udziałem bardzo żyznych gleb oraz z warunkami strategicznymi, wynikającymi z pomostowego położenia ziemi chełmińskie w stosunku do ziem pruskich i polskich. Dzieje Lisewa i sąsiednich miejscowości wplecione są w całokształt dziejów ziemi chełmińskiej.Najważniejsze ślady osadnictwa w Lisewie i okolicy pochodzą sprzed 6300 lat.
Pierwsza wzmianka utrwalona na piśmie pochodzi z 1293 roku, gdzie wymieniony jest niejaki Heinco z Lisewa. Najstarszą metrykę w parafii ma wieś Krusin (1222 r – Crossino). Parafia istniała na pewno pod koniec XIII wieku, ponieważ z tego okresu pochodzi do dzisiaj kościół. Pod względem obszaru w XV wieku należała do największych w ziemi chełmińskiej.
Od drugiej połowy XIV wieku w kościele lisewskim odbywały się sądy rycerskie ziemi chełmińskiej, nadzorowane przez wójtów Lipienka. Poza tym rycerstwo zbierało się tu na zjazdach. W czasie jednego z nich w 1437 roku podjęto decyzję o wznowieniu działalności Towarzystwa Jaszczurczego. W czasie jednego z ostatnich zjazdów w 1453 roku zrodziła się tu myśl poddania Pomorza Gdańskiego, Prus i Ziemi Chełmińskiej królowi polskiemu, Kazimierzowi Jagiellończykowi.
Po wojnie trzynastoletniej Lisewo przeszło na własność króla polskiego. Wieś i okolice zostały spolonizowane, wielu rycerzy przyjęło polskie nazwiska np. Wirzbowscy, Tytlewscy, Działowscy. Cały wiek XVI był okresem wyjątkowo pomyślnym w dziejach Polski. Długotrwały pokój i dobre możliwości sprzedaży zboża zapewniły większości mieszkańców dostatnie jak na owe czasy i potrzeby życie. Wsie były wówczas gęsto zaludnione, budowano wtedy wiele murowanych dworów, dzierżawcy starostwa lipieńskiego, odbudowali zamek w Lipienku i wybudowali wierzę kościelną w Lisewie.
Z lat 1502-1530 zachowały się źródła, które mówią o sporze o wieś między wojewodą pomorskim Jerzym Konopackim, starostą kowalewskim, Janem z Ledcza i rajcami toruńskimi, braćmi Peckaw.
W latach 1530-1772 wieś należała do starostwa lipienieckiego. W drugiej połowie XVI wieku do parafii Lisewo należały następujące miejscowości: Drzonowo, Firlus, Kornatowo, Krusin, Lipienek, Lisewo, Malankowo, Pniewite, Strucfoń.
XVII wiek to okres licznych wojen, przez Lisewo i okolice maszerowały wojska, które niejednokrotnie grabiły osady i mordowały ludność. W tym okresie liczba mieszkańców spadła o 25%.
W czasach nowożytnych istniała przy kościele szkoła parafialna. Mamy o niej wzmianki w następujących latach: 1647, 1667, 1740 1785. Po pierwszym rozbiorze Polski wieś przeszła na własność pruskiego skarbu państwa. W czasach Księstwa Warszawskiego szkoła została przejęta przez państwo.